W systemie Moja Księgowa nie ma możliwości wystawienia faktury VAT marża z szablonu. Jest możliwość wprowadzenie takiego dokumentu na dwa sposoby.
Przykład: Zakup przedmiotu za 1000 zł, sprzedaż za 1115 zł, Marża 115 zł (115/1,23=93,50 zł)
Księgowanie ręcznym wpisem:
Aby dodać ręczny wpis należy przejść do zakładki Fakturowanie/Faktury z lewej strony wybrać Opcje zaawansowane/Ręczne wpisy. Następnie wybrać przycisk Dodaj ręczny wpis.
Wpis do KPiR:
Pozycja 1. 1000 zł netto
Pozycja 2. 93,50 zł netto

Wpis do rejestru VAT:
Pozycja 1. 21,5 (netto 93,50 zł)
Księgowanie szablonem np. Faktura sprzedaży:
Taki dokument należy zaksięgować po stronie faktur sprzedaży w zakładce Fakturowanie/Faktury poprzez opcje Wystaw fakturę.

Po zaksięgowaniu dokumentu jednym bądź drugim sposobem należy wygenerować plik JPK na dany miesiąc, w którym dokument powinien zostać ujęty w zakładce Księgowość online/Zamknij miesiąc a następnie uruchomić Uruchom proces kontroli (krok 2). Po wykonaniu tych czynności w zakładce Księgowość online/JPK należy pobrać plik JPK w formacie XML i wgrać go na stronę: https://e-mikrofirma.mf.gov.pl/jpk-form/read-file
W tym miejscu jest możliwość edytowania pliku, dodając oznaczenie MR_UZ do dokumentu sprzedaży. Po wykonaniu edycji dokumentu można od razu przesłać plik ze strony Ministerstwa Finansów.